病虫害防治是保证牡丹种苗质量，提高观赏品质和商品价值的关键环节。预防为主、综合防治是病虫害防治的基本原则。
在洛阳主要危害牡丹的病害有：牡丹的红斑病、牡丹灰霉病、牡丹褐斑病、牡丹炭疽病、牡丹锈病、牡丹病毒病、牡丹环斑病等。
防治方法：三月下旬至四月上旬喷撒多菌灵、退菌特、托布津等，五月至八月每20天左右喷石灰倍量式的波尔多液。
危害牡丹的虫害主要有：地下害虫根结线虫、蛴螬、金针虫等，地上害虫介壳虫类和刺蛾类等。
防治地下害虫的方法：每年分别在三月中下旬、九月上中旬用500倍的甲基异柳磷灌根，或在牡丹根部周围撒施呋喃丹颗粒剂，操作方法为：环绕牡丹根部周围开沟，沟深5cm，撒施呋喃丹后覆盖，可防治根结线虫、蛴螬、金针虫等地下害虫。
防止地上害虫的方法：用500倍的甲胺磷和500倍的氧化乐果混合后喷雾或用800—1000倍的杀扑磷喷雾防治。